电子专用发票的认证抵扣步骤如下：

　　1.进入【抵扣勾选-发票抵扣勾选】模块，勾选用于申报抵扣的进项增值税电子专用发票。

　　2.根据需要输入或选择相关查询条件，点击【查询】按钮，在勾选操作区会显示符合查询条件的发票。勾选纳税人本期需要抵扣的发票，系统默认的有效税额为发票税额，可修改并输入大于零、小于等于发票税额的实际发生有效税额，剩余税额（税额-有效税额）则自动构成不抵扣。

　　3.本次需要勾选的发票全部勾选完成后，点击【提交】按钮。

　　4.完成本月全部进项票勾选后，进入【抵扣勾选统计】模块，完成对当前税款所属期勾选数据的统计申请。点击右上角【申请统计】，系统将锁定当期抵扣勾选操作，并显示当前属期抵扣合计数据。

　　5.核对统计表数据后，点击【确认】按钮，系统会弹出提示信息对话框，确定保存后，发票统计表中抵扣项下的有效税额将成为纳税人当期申报的进项依据。

　　请注意，具体操作以实际情况为准。