事业单位是指由政府机构、企事业单位或者其他组织，依法按照规定设立的公益性、非营利性单位。因其特殊的性质和经营管理方式，需要进行内部审计来保障其财务运作的合法、规范、透明。

事业单位内部审计的主要内容包括以下几个方面：

一、财务管理审计

财务管理审计是指对事业单位各项财务活动的合理性、规范性、透明性、有效性进行审计。具体表现在以下几个方面：1.会计核算制度是否完整、真实和准确；2.预算管理和资金使用是否符合规定；3.各种财务收支活动是否符合法律法规及其规章制度。

二、业务管理审计

业务管理审计是指对事业单位通行的管理体制、管理制度及其执行情况、所属项目的开展与执行情况等方面进行审计。主要包括评价业务办理程序是否规范、客观；业务协调是否有效等。

三、内部控制审计

内部控制审计是指对事业单位各项活动中存在的风险进行识别和评估,并采取相应的措施加以控制、预防和改进的审计。主要包括内部控制制度是否完整、可行，内部控制环境是否健康等方面。

四、运营管理审计

运营管理审计是指对事业单位的运作情况进行审计检查，以评估管资产的效益、劳动力效率、财务状况、管理水平以及与同行业比较等方面。主要内容包括运营管理流程是否优化，人员使用效率如何等方面。

五、信息化建设审计

信息化建设审计是针对事业单位信息化建设规划、实施、维护等过程中是否合理、科学有效地开展的审计。主要包括信息技术系统的安全性、质量、效果等方面的控制、监测和管理情况。

综上所述，事业单位内部审计的主要内容是非常广泛和复杂的，需要专业的内部审计人员和审计机构共同协作，在确保审计结果准确和可靠的前提下，为有序的经营管理提供保障。