食品经营许可证由当地食品药品监督管理部门办理。具体来说，企业法人、合伙企业、个人独资企业、个体工商户等，以营业执照载明的主体作为申请人，向当地食品药品监督管理部门提出申请。在申请食品经营许可时，需要先行取得营业执照等合法主体资格。

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