公司长期零申报存在的风险主要有以下几点：

　　1.税务机关将纳税人纳入重点监控范围，并按照相关规定进行纳税评估。在评估过程中，如果发现企业存在隐瞒收入、虚开发票等行为，不仅需要补缴当期税款和滞纳金，还可能面临罚款，情节严重的甚至会被移送稽查。

　　2.影响企业的信用等级。如果企业长期零申报且存在非正常原因，如连续3个月或累计6个月零申报，将不能评为A级纳税人。对于提供虚假申报材料享受税收优惠政策的，更是直接降为D级纳税人，承担D级纳税人的后果。D级纳税人将会被限制开票业务，如果情况严重还可能会被处以税务罚款等处罚。

　　3.对于长期零申报且持有发票的纳税人，发票不仅会降版降量，还会被要求去税务机关对发票的使用情况进行核查。如果核查发现问题，税务机关还可以按照相关规定采用成本费用公式核定纳税人收入。

　　4.如果公司长期未进行纳税申报，且无正当理由超过6个月未开业，或者开业后自行停业连续6个月以上的，公司登记机关有权吊销营业执照。

　　因此，为了避免以上风险，企业应该按照规定及时向税务机关申报纳税，并尽量避免出现长期零申报的情况。如果确实存在困难或问题，企业应该及时与税务机关沟通，寻求解决方案，确保企业合法合规经营。