保健食品经营许可证的办理流程如下：

　　1.到当地工商部门申请名称预先核准通知书，也就是确定店名。

　　2.到当地县区级的食品药品监督管理局申请保健品经营许可证。

　　3.取得保健品经营许可证之后继续在工商部门办理个体工商户营业执照需要的材料是：身份证原件和复印件，店铺的房产证明文件房产证复印件或者土地证复印件等东西，租赁合同原件和复印件，证件相片一张。

　　4.取得营业执照30天内到当地的地税、国税部门申请税务登记证。

　　以上信息仅供参考，如果还有疑问，建议咨询专业人士。