企业填报工商年报主要包括以下流程：

1. 准备资料：企业需要准备好需要填报的资料，如企业基本信息、财务报表等。

2. 登录系统：登录国家企业信用信息公示系统，选择工商年报申报区，输入企业编码和密码。

3. 填报信息：根据系统提示填写相关信息，包括企业名称、法定代表人、营业执照号码、注册地址、经营范围、股东信息、财务报表等。填报过程中需注意填写正确且真实无误的信息。

4. 审核和提交：填报完成后，在系统中进行数据审核验证，确认填报信息无误后进行提交。提交后无法修改或删除，因此需要仔细检查填报信息的准确性。

5. 缴纳费用：通过系统选择缴纳年报费用，支付相关费用。费用金额按照地区不同可能有所差异。

6. 打印并归档：在成功缴费后，系统将生成电子版工商年报申报表，打印申报表并存档。同时，企业还需收集好其他有关材料并归档备份。

需要注意的是，在公司年报申报过程中，企业需按规定时间进行填报，并在截止日期前完成提交和缴费等流程。逾期未提交或提交信息不实的企业将被依法处罚或收费。此外，企业所填报的财务报表等信息要求真实可靠，如有虚假和不实信息会造成法律上的风险和信用度下降，影响企业的正常经营。