土地增值税是指在转让国有土地使用权、地上建筑物及其附着物时，由增值额所征收的一种税。土地增值税的计算方法是根据纳税人转让房地产所取得的增值额与扣除项目金额之间的差额来计算的。

首先，计算出增值额。根据《土地增值税暂行条例》规定，增值额是指纳税人转让房地产取得的全部收入减去扣除项目后的余额。具体来说，增值额等于销售收入减去取得土地使用权的成本、费用和税金。其中，销售收入包括房屋及建筑物价款、土地价款、转让的房地产的税费等。

其次，确定扣除项目。扣除项目是用来抵减增值额的，主要包括以下几个方面：一是取得土地使用权和开发土地的支出；二是开发、建造普通标准住宅的成本；三是房地产开发费用；四是财政部规定的其他扣除项目。

最后，计算应纳税额。应纳税额等于增值额乘以税率表中的对应税率，再减去速算扣除数。速算扣除数是根据纳税人具体情况确定的一个数值，用于调整增值额中不同项目的比例。如果纳税人能够提供准确的扣除凭证，可以享受减免税优惠。否则，按照规定缴纳相应的税款。

需要注意的是，土地增值税实行的是预征制，即纳税人应当在转让房地产前向税务机关预缴税款。只有在实际转让过程中才进行清算，多退少补。同时，土地增值税的纳税期限为自纳税人办理纳税申报之日起10日内，超过这个期限未申报或者未缴清税款的，将面临滞纳金和罚款。